Ponikło skąpokwiatowe rośnie najczęściej na torfowiskach niskich mezotroficznych, w tym węglanowych, źródliskowych i w kompleksach zbiorowisk solniskowych. Preferuje gleby o odczynie zasadowym i subneutralnym w zakresie pH 6-8 (Żukowski1965). Często tworzy krótkotrwałe zbiorowiska inicjalne na odsłoniętym torfie, np. w miejscach buchtowanych przez dziki, może także odgrywać znaczącą rolę w początkowych etapach sukcesji regenerującej się roślinności w wyrobiskach poeksploatacyjnych.
W rejonie Pomorza Zachodniego gatunek podawany był z kilkudziesięciu stanowisk (Żukowski 1965).